먼저 git submodule init 명령을 실행하면 서브모듈 정보를 기반으로 로컬 환경설정 파일이 준비된다. 이후 git submodule update 명령으로 서브모듈의 리모트 저장소에서 데이터를 가져오고 서브모듈을 포함한 프로젝트의 현재 스냅샷에서 Checkout 해야 할 커밋 정보를 가져와서 서브모듈 프로젝트에 대한 Checkout을 한다.  간단하게 실행하는 방법도 있다. 메인 프로젝트를 clone할 때 [[Git#clone|git clone]] 명령 뒤에 --recurse-submodules 옵션을 붙이면 서브모듈을 자동으로 초기화하고 업데이트한다.